En novembre 2012, le conseil d’administration du Fonds mondial a approuvé un changement radical dans sa façon de financer les programmes de lutte contre le sida, la tuberculose et le paludisme dans les pays récipiendaires. La mise en œuvre opérationnelle de ce changement prendra du temps ; c’est pourquoi l’année 2013 sera une période transitoire et de test dans certains pays heureusement pré-identifiés comme étant sous-financés. En 2014, le nouveau mécanisme de financement (NMF) devra avoir été testé et prêt à être pleinement mis en place.
Management Sciences for Health (MSH) vient d'annoncer « que le 30 septembre 2012, l'Agence américaine pour le développement international (USAID) avait attribué à MSH et ses 25 partenaires un contrat permettant de poursuivre le projet Grant Management Solutions (GMS). La durée initiale de trois ans du nouveau contrat pourra être prolongé jusqu'à deux années supplémentaires ; la valeur plafond de ce nouveau contrat est de 99,9 millions de dollars ».
Dans le but d'améliorer l’efficience de ses programmes, le Fonds mondial exerce une pression croissante sur les CCM et les récipiendaires de subventions pour les inciter à standardiser les coûts unitaires utilisés pour les demandes et les renouvellements de subventions, et les budgets élargis des CCM. Jusqu'à présent, très peu de pays sont parvenus à harmoniser les coûts utilisés pour des activités similaires, essentiellement en raison du manque de coordination entre les partenaires. Cette situation entraîne souvent des retards considérables pour les signatures de subventions, les décaissements et l'exécution des programmes.